1. ...masalah ini ada dalam rencana perbaikan mereka.
2. ...disepanjang 103 km jalan yang sedang diperbaiki.
imho

Pada teks sumber ada frase 'USAID road section' kemudian diikuti 'ABC alignment' (. . . ABC address this issue as it is on their alignment.).

Dari sini dapat disimpulkan bahwa 'road section' = 'alignment' = 'ruas jalan'

Jadi, di sini ada 'ruas jalan yg menjadi tanggung jawab USAID' dan ada juga 'ruas jalan yg menjadi tanggung jawab ABC.'

Berikut ini kutipan dan referensinya:
Alignment:
The term used to refer to the physical route taken by the permanent way (tracks).

Penelitian ini bertujuan untuk menyusun prioritas penanganan *ruas jalan* Propinsi dengan berbagai skenario ketersediaan dana yang dikaitkan dengan pendanaan jalan yang berubah dengan diberlakukannya otonomi daerah, dan mengevaluasi dampak kebijakan ketersediaan dana tersebut terhadap kondisi fisik.

This research aims at organizing the priority of provincial *road section* management under its limited fund scenarios since the operation of regional autonomy and at evaluating the impact of it towards the physical conditions.

mengambil analogi penjajaran minimal urutan DNA, untuk mencari tingkat kesamaan antara 2 urutan DNA tersebut yang dinyatakan dalam persentase.

bila jembatan tersebut kita analogikan sebagai urutan DNA, maka ia juga terdiri dari blok-blok per blok rangka jembatan. Jembatan yang sudah harus diganti itu, akan dijajarkan dengan jembatan asalnya, dikembalikan ke asalnya baik tingkat kelurusannya maupun tingkat ketinggian dan kemiringan permukaan dari setiap blok-blok jembatan yang akan diaspal menjadi jalan tersebut